No Empathy, quando você vai ao histórico, tem a opção de excluir todo o histórico e não apenas um usuário específico.
Como excluir o histórico de um usuário específico no Empathy? As pessoas próximas contam com a preservação do histórico de outros usuários?
Os registros do Empathy (usando a biblioteca de telepatia, daí a nomenclatura) estão sob
$HOME/.local/share/TpLogger/logs
(Observe que este é um diretório oculto - use o terminal ou View - > Show Hidden Files no Nautilus)
Os registros são armazenados neste diretório na estrutura
ACCOUNT/USER/DATE.log
Excluir conforme apropriado.
Os logs (desde Empathy 2.31.4) são salvos em ~/.local/share/TpLogger/logs .
Dê uma olhada lá e exclua o arquivo do usuário específico.