Formate a nova unidade para ext4 com gparted ou qualquer ferramenta que você desejar.
Em seguida, monte a partição em / mnt (ou em qualquer local que você escolher)
sudo mount /dev/sbb1 /mnt
sudo chown your_user:your_user /mnt
Em seguida, coloque a fonte do kernel em / mnt
mkdir /mnt/src
tar xjvf linux-source-2.6.22.tar.bz2 -C /mnt/src
Em seguida, continue com sua compilação.
Nota: você deve executar o make da seguinte maneira, ele fará os módulos.
make -j5
Você então usa o sudo para instalar
sudo make modules_install
FWIW há vários scripts auxiliares, consulte
Kernel de compilação do Wiki Ubuntu
Obviamente, existem várias considerações na construção de um kernel personalizado, boa sorte para você.
EDIT: Para mesclar 2 discos rígidos, use o LVM. Você não poderá fazer o LVM, pois sua instalação original não é para o LVM, então montar a nova unidade é a melhor opção.