Infelizmente, não existe mais "user friendly". Gnome 3 não vem com um "gnome-aparência-propriedades" ..
O que você pode fazer é criar seu próprio tema ... (eu sei ...) ou ajustar temas já existentes. Ainda mais difícil agora, você tem os temas gtk2 e gtk3 para ajustar ...
Por exemplo, ambiente: Copie e cole '/ usr / share / themes / Ambiance' para '~ / .themes / My_Ambiance'.
Edite as cores (ou seja, #FFFFFF, # ??????) em '~ / .themes / My_Ambiance / gtk-3.0 / gtk.css' E '~ / .themes / My_Ambiance / gtk-2.0 / gtkrc' .
A alteração tooltip_bg_color e tooltip_fg_color em ambos os arquivos deve funcionar para você.
Você pode usar zenity --color-selection para selecionar sua cor.
Para aplicar o seu "novo" tema, você pode usar o myunity (no repositório). Você pode ter que reiniciar o X para ver as alterações.
PS: Isso não é uma resposta à sua pergunta (NÃO É FÁCIL DO USUÁRIO), mas foi muito importante postar como um comentário.