Sim, você pode. Eles estão instalados em lugares diferentes. Mas se você gostaria de executá-los juntos ao mesmo tempo, você precisa usar uma porta de escuta diferente do servidor da Web.
O Apache HTTP Server está instalado para escutar na porta 80, a porta padrão do servidor da Web (use localhost em seu navegador). O Tomcat6 vem configurado para usar 8080 (use localhost:8080 no seu navegador)
Portanto, nas configurações padrão, os servidores da Web não se chocam.