O chamado "painel" Unity (a barra superior) deve ser mesclado com a barra de uma janela maximizada, mas o conteúdo da área do cliente da janela é deixado para o aplicativo, ou seja, Chrome neste caso.
Quanto à sua outra pergunta, a resposta é não. Não há nenhuma configuração para ocultar ou ocultar automaticamente o painel Unity no Ubuntu 11.10 sem um aplicativo GUI em execução. Eu estava procurando por algo assim quando me deparei com estes:
Ainda é possível alternar o modo de tela inteira ao pressionar F11 (que também deve funcionar com outros aplicativos), mas isso também removerá as legendas das guias no Chrome.