Para lidar com essas apresentações, usei algumas Sun PDF Import Extension algumas vezes. Quando instalado, você pode importar apresentações em PDF com o OpenOffice.org Impress. Mesmo que a conversão não seja 100% suave, você pode editar o plano de fundo e alterar a cor. Pode ser um pouco entediante se você estiver lidando com muitos slides, mas é a melhor solução que encontrei para esses casos. Você deve notar que tudo é convertido em objetos do Impress.