Você precisa especificamente fazer um dispositivo USB inicializável ou está tentando criar um Ubuntu Live USB inicializável?
Se tudo o que você quer é um Ubuntu USB inicializável, você pode achar o unetbootin mais amigável, e ele cuida de tornar o stick inicializável para você:
Se você precisa tornar o pendrive USB inicializável para outra finalidade e realmente precisa do syslinux, parece que as instruções que você seguiu são para versões mais recentes, já que o 3.11 parece estar um pouco desatualizado. Você pode querer baixar o Syslinux 4.04 aqui:
quando você o descompacta, verá o diretório win32 para o qual suas instruções apontam, com um binário syslinux.exe.
Faça uma tentativa e deixe-me saber se alguma dessas soluções funciona para você.