Existe um tópico antigo sobre como fazer isso nos fóruns do Ubuntu aqui .
No entanto, eu definitivamente não recomendaria. Mesmo que o matlab tenha terminado com os dados nos arquivos, ainda é possível que isso atrapalhe suas simulações. Mais importante, é provável que cause uma inconsistência no sistema de arquivos e você acabe perdendo dados. Há uma razão para que ela não seja desmontada apenas quando os arquivos estiverem em uso. Forçá-lo a renunciar a essas precauções de segurança geralmente acaba resultando em resultados ruins.