Eu estou supondo que você quer dizer, clicando na área de trabalho em si, em vez de um ícone na área de trabalho (o último pode ser feito apenas com o script na pasta da área de trabalho ...)
Se você estiver disposto a comprometer um pouco, usando o CCSM
apt-get install compizconfig-settings-manager
O plugin 'commands' permite que você associe comandos (como rodar seu script) a eventos. Sob a aba 'Button Bindings' você pode atribuir o seu comando para quando clicar em enquanto o mouse estiver em uma das bordas . Eu aprecio que esta não é a solução completa, mas como você pode selecionar todas as arestas, ela irá quase fazer o que você quiser.
Espero que você obtenha um pouco do caminho.