Eu tive esse problema uma vez. Os arquivos foram enviados para o diretório found.id (por exemplo, found.000). Existe (verifique se não há ocultação habilitada)? Se sim, algum software de recuperação pode restaurar os arquivos. Se não, tente executar o chkdisk e olhe novamente. Está lá agora? Se não, provavelmente não há como restaurá-lo.
Eu sugiro instalar corretamente da próxima vez. Esta é uma desvantagem conhecida do Wubi.
Algum software que possa recuperar os arquivos (embora as chances sejam muito pequenas):
O mais provável é que não ajudará: