É improvável que o Skype esteja causando falha na sua máquina. Os sintomas que você descreve como algo está vazando memória e você está simplesmente ficando sem memória. Você pode determinar isso observando "top" em um terminal e classificando por uso de memória (digite F, em seguida, n e pressione enter). O culpado provavelmente estará no topo desta lista.