O Apache tratará os arquivos em conf.d/
como arquivos de configuração, e o arquivo .crt
não é um arquivo de configuração válido do apache.
Em vez disso, coloque-os em outro lugar e faça com que o arquivo de configuração em sites-enabled/
se refira a eles. O default-ssl
config tem o seguinte:
SSLCertificateFile /etc/ssl/certs/ssl-cert-snakeoil.pem
SSLCertificateKeyFile /etc/ssl/private/ssl-cert-snakeoil.key
Portanto, coloque seu arquivo de certificado em /etc/ssl/certs/
e sua chave em /etc/ssl/private/
e edite a configuração para ter os nomes de arquivo corretos.
Você também pode querer ler o guia oficial do servidor Ubuntu sobre Apache e HTTPS ou apenas pesquise no google para mais informações.