sudo apt-get update não altera nada instalando ou desinstalando qualquer software, tudo o que ele faz é atualizar a lista de softwares disponíveis. A atualização do Ubuntu de 14.04 para 16.04, como você fez, só poderia ter sido iniciada por um comando diferente, que você pode visualizar no terminal, pesquisando em seu histórico bash recente.
Uma atualização de distribuição não exclui nenhum de seus arquivos armazenados, apenas atualiza os pacotes instalados para que sejam compatíveis com a versão atualizada. Os upgrades de distribuição são conservadores quanto à exclusão de arquivos antigos. Normalmente, após uma atualização de distribuição, você encontrará muitos arquivos de pacotes órfãos que sobraram da versão anterior do Ubuntu, que podem ser ignorados e deixados no sistema de arquivos, ou então excluídos manualmente.
Para descobrir qual versão do Ubuntu você está executando, execute este comando:
lsb_release -a
Para mostrar os últimos 20 comandos que o usuário conectado no momento executou:
history 20 # instead of 20 the number can be any integer from 1 to 1000