Provavelmente você está usando o Ubuntu 11.04. O Ubuntu está tentando eliminar a tradicional área de notificação do painel do gnome em favor da área de applets indicadores compatíveis com as especificações do freedesktop.org. É provável que o aMSN não tenha suportado o indicador-applet, portanto, nenhum ícone.
A área de notificação ainda está lá no seu painel. Se você o removeu, sempre é possível clicar com o botão direito do mouse no painel para adicioná-lo novamente. O problema é 11.04 bloqueia o ícone da área de notificação da maioria dos aplicativos, a menos que esteja em uma lista branca.
Para adicionar um aplicativo à lista branca
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "$(gsettings get com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist | sed "s/, *'yourapp' *//g" | sed "s/'yourapp' *, *//g" | sed -e "s/]$/, 'yourapp']/")"
no seu caso, yourapp deve ser substituído por aMSN. mas verifique se o caso está correto ...