Infelizmente, não há opções nas configurações para isso. Mas conheço uma solução alternativa:
1.Clique no ícone do Docky no dock e vá para Configurações. Em Configurações, escolha Windows Dodge em Configuração do Dock. Marque Fade on Hide também.
2.AgorapressioneAlt+F2eabragconf-editor
.
Naveguepara/apps/docky-2/Docky/Interface/DockPreferences/Dock1/
eimprimaovalordeFadeOpacity
para1.
3.Reinicie o Docky.