Inicialize no kernel que você deseja manter e executar:
sudo aptitude hold linux-image-'uname -r' linux-image
Você pode ter que remover a versão mais recente do kernel manualmente. Você pode ver o que está instalado com isso:
dpkg -l | grep linux-image
E então
sudo apt-get remove linux-image-version-blah
Alternativamente, você pode fazer a maior parte disso clicando no Synaptic, o que pode ser uma opção preferida se você não tiver certeza do que está fazendo.