O Eclipse é um ecossistema de plataformas extremamente "sensível à versão".
Estou usando o eclipse há 9 anos, desde a era 2.x. Quase todos os plugins que usei tiveram que ser instalados com uma versão exata de suas dependências, qualquer pequena variação e o resultado foi uma IDE instável em todo lugar.
Se você estiver programando no JEE, eu recomendo strongmente usar o baixado do site do Eclipse, sempre que possível instalar plugins através do recurso de atualização do eclipse. Você vai viver mais e mais feliz :)
Sou um desenvolvedor JEE nos últimos 6 anos, e toda vez que tentei usar o Eclipse do repositório, o resultado foi horrível, muita instabilidade e muitos plugins não funcionaram como esperado (Jboss Tools, por exemplo).
Eu tive alguns problemas recentemente, rodando o JBossWS, com as versões 3.7.x, ele geralmente falhava em 64Bit, Mint 12 (Ubuntu 11.10), então eu decidi fazer o downgrade para o Eclipse 3.6.