Defina a opção 'CoolBits' para o valor 4 na seção 'Screen':
Option "CoolBits" "4"
Deve parecer um pouco assim:
Section "Screen"
Identifier "Screen0"
Device "Device0"
Monitor "Monitor0"
DefaultDepth 24
Option "TwinView" "0"
Option "CoolBits" "4"
Option "TwinViewXineramaInfoOrder" "CRT-0"
Option "metamodes" "1280x1024_60 +0+0; 1024x768 +0+0; 800x600 +0+0"
SubSection "Display"
Depth 24
EndSubSection
EndSection
Usando isso, você poderá ajustar as configurações do ventilador (entre algumas outras opções na nvidia-settings desativadas por padrão).
Infelizmente, o nvclock não consegue lidar com GPUs mais recentes da nVidia, mas as configurações da nvidia já permitem que você defina uma grande quantidade das opções mais importantes. Funcionou para mim, certamente funcionará para você.