Acabei de atualizar para o LTS mais recente e agora estou configurando as coisas pelos próximos dois anos.
Eu sei que isso é mesquinho: é possível reordenar meus lugares neste novo Nautilus? Estou acostumado com File System sendo o primeiro da lista e Downloads sendo o último (acima da lixeira). Isso só faz mais sentido para mim.
Eu bisbilhotei o dconf e algumas das ferramentas de ajuste, sem sucesso.
Como mencionado nos comentários:
1) Os "Favoritos" do usuário podem ser reordenados, mas outros itens não podem ser reordenados.
Mas:
2) Você pode editar o código-fonte do nautilus para reordenar a inclusão do item na lista, seria uma edição muito fácil simplesmente alterar a ordem das linhas que adicionam as seções.
Boa sorte!