Comece com o Ubuntu livecd (ou liveusb), monte a partição do Windows (ou patices) e remova ou faça backup de outros arquivos desnecessários para executar o sistema Windows e ocupe mais espaço, como arquivos de vídeo, arquivos de música, etc. .
Você não pode, pelo que eu sei, remover corretamente o aplicativo do Windows sem iniciar o sistema Windows. Se congelar, provavelmente irá congelar mesmo se você tentar iniciá-lo através da caixa virtual (coisa que também é difícil de configurar).