Revise as opções de configuração que podem ser colocadas em /etc/apt/apt.conf.d . Existem opções para executar limpeza automática ou limpeza automática. Veja man apt.conf para as opções. Existe uma opção Clean que deve fazer o que você está fazendo.
No meu caso, eu tenho uma configuração para Periódico em /etc/apt/apt.conf.d/10periodic :
APT::Periodic::AutocleanInterval "28";