O que você está tentando fazer não é possível com o TwinView.
O TwinView funciona adicionando um modo de exibição falsa com a resolução combinada para a exibição principal. Por exemplo, se você tiver dois monitores de 1024x768, o driver informará ao sistema operacional que existe apenas uma tela com as resoluções da tela principal e um modo adicional falso de 2048x768. Quando você seleciona este modo, o SO acha que tem uma única tela de 2048x768 e o driver cuida do envio de partes da imagem para as telas corretas. Isso significa que você não precisa de nenhum suporte especial dos aplicativos, mas também, por exemplo, Não é possível executar um aplicativo em tela cheia apenas em um dos monitores - os apps pensarão que existe apenas uma única tela de 2048x768.
A solução é desabilitar o TwinView e usar um driver que tenha suporte a XRandR. Isso está presente no driver da Nvidia desde a versão 302. Use o painel de exibição do Ubuntu para configurar os displays através do XRandR (em 12.04 ou posterior, clique no botão liga / desliga no canto superior direito e selecione "Displays ...").