Você não pode fazer login remotamente em um terminal que já esteja em execução na máquina.
Em vez disso, use o ssh para se conectar ao sistema, ele é instalado por padrão na maioria das distribuições. Então, após o login através do ssh, você pode matar o servidor em execução usando (digamos que o executável seja o CraftBukkit)
> killall CraftBukkit
Você pode confirmar o nome do processo em execução para matar, observando a lista de processos mostrada ao digitar
> ps aux
Em seguida, você pode reiniciar o servidor chamando a linha de comando, mas adicione o comando "screen" na frente. Executar o servidor dentro de uma sessão de tela permite que você sempre se reconecte à sessão de qualquer lugar, fazendo
> screen CraftBukkit param1 param2 ...
// use CTRL-a then d to detach session
> screen -r // will reattach session
Se a tela não estiver disponível no sistema, instale-a com
sudo apt-get install screen