As informações de snapshot no VirtualBox são armazenadas em vários lugares:
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Dentro de ~ / .Virtualbox / Machines / MachineName / Snapshots, deve haver um arquivo VDI por snapshot e alguns arquivos .sav (um para cada snapshot e um para o estado atual se ele foi salvo). Não tenho certeza, mas aposto que .vdi armazena o estado do disco rígido e a memória .sav e outros estados.
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O arquivo ~ / .Virtualbox / Machines / ManchineName.xml armazena toda a configuração da máquina virtual, incluindo instantâneos.
Se você recriou as chances da VM, o seu arquivo MachineName.xml foi substituído. Você terá que recriá-lo (provavelmente à mão).
Estas são as linhas relevantes no arquivo .xml de uma VM de teste que eu uso.
<Machine uuid="{b174a63e-19ce-4291-9b07-083916f3d316}" name="Probas" OSType="Ubuntu" stateFile="Snapshots/{b174a63e-19ce-4291-9b07-083916f3d316}.sav" currentSnapshot="{3ecc12c8-c27e-4574-9e79-59503777173f}" lastStateChange="2010-11-16T16:52:34Z">
<Snapshot uuid="{3ecc12c8-c27e-4574-9e79-59503777173f}" name="Ubuntu reciente" timeStamp="2010-08-12T20:38:36Z" stateFile="Snapshots/{3ecc12c8-c27e-4574-9e79-59503777173f}.sav">
Você provavelmente precisará adicionar uma linha "Instantâneo ..." para cada instantâneo em seu diretório.
Não foi realmente testado, espero que funcione.