Pela minha experiência, eu pude adicionar o PPA, instalar e usar o GNOME 3, e depois removê-lo sem esforço, sem quebrar minha configuração do Unity.
Eu adicionei o GNOME 3 PPA, instalei todos os pacotes e libs necessários, efetuei o logout e experimentei o GNOME 3. Então usei esse pequeno utilitário chamado ppapurge (nos repos) para remover e reverter todos os pacotes do GNOME 3 PPA. Funcionou maravilhosamente. Apenas para realmente verificar isso, eu fiz uma varredura rápida através do Synaptic de todos os pacotes no PPA, e nenhum foi instalado.
Funcionou não só para mim, mas também para outros. No entanto, se você realmente elogiar sua configuração do Unity, provavelmente será melhor não tocar em nada. E de qualquer maneira, a experiência atual do GNOME3 no Ubuntu Natty está bem abaixo do que deveria ser, e eu recomendo que você experimente usando uma das imagens ao vivo disponibilizadas no gnome3 .org .