Eu resolvi esse problema adicionando o grupo sudo que criei no AD ao arquivo de configuração /etc/polkit-1/localauthority.conf.d/51-ubuntu-admin.conf.
No meu caso, o grupo AD para permitir o sudo no terminal era o EngineeringSudo, então meu arquivo 51-ubuntu-admin.conf tem esta aparência agora.
[Configuration]
AdminIdentities=unix-group:sudo;unix-group:admin;unix-group:EngineeringSudo
Isso funciona fazendo do seu grupo AD sudo um "Administrador" no que diz respeito ao PolKit.