Eu descobri onde eles estavam na interface da web, eles estavam nos arquivos recentes e compartilhados. De alguma forma, eu tinha alguns arquivos compartilhados na minha unidade e, depois de removê-los, eles eram removidos do meu computador. Então parece que no computador através das contas online do gnome ele não separa seus arquivos dos arquivos compartilhados. Espero que isso ajude alguém com um problema semelhante!