Atualização do RDkit

Question

Eu instalei o RDkit seguindo as instruções do seguinte site usando a seguinte linha de código,

sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data

Mas quando eu verifico a versão usando o seguinte código (em python), seguindo as instruções desta página da web

>>> import rdkit
>>> from rdkit import rdBase
>>> rdBase.rdkitVersion
'2013.09.1'

Eu não recebo a versão mais recente.

Como posso atualizar esta versão, seja no Ubuntu na linha de comando ou em python?

Detalhes do sistema

>>> import sys
>>> print(sys.version)
2.7.6 (default, Nov 23 2017, 15:49:48) 
[GCC 4.8.4]

e Ubuntu

lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description:    Ubuntu 14.04.5 LTS
Release:    14.04
Codename:   trusty

ps Se é de algum interesse eu quero executar um pedaço de código python chamado, take_elementary_step

    

Answer 1

Para atualizar o RDKit, você teria que compilá-lo a partir do código-fonte. Isso não parece ser trivial para fazer.

Dito isto, peguei o código-fonte rdkit do Ubuntu Bionic (em desenvolvimento, mas este é o mais recente do Debian), e o enviei dentro de um PPA para o Trusty e o Xenial.

Você pode fazer o seguinte para instalar a versão atualizada de python-rdkit (ainda estou trabalhando na adaptação deste pacote para trabalhar com o RDKit mais recente, mas não posso garantir que forneço atualizações contínuas):

sudo apt-get remove python-rdkit
sudo apt-get autoremove
sudo add-apt-repository ppa:teward/python-rdkit
sudo apt-get update
sudo apt-get install python-rdkit

Embora isso também limpe outros pacotes obsoletos, deve instalar uma versão mais recente do RDkit (a partir de março de 2016).

(Ainda estou trabalhando para ver se há um novo pacote RDKit em algum lugar ...)

    

Answer 2

Se eu pesquisar por rdkit com

apt search rdkit

Eu recebo "python-rdkit / xenial 201503-3 amd64" como uma das entradas. O número da versão diz 201503-3.

Eu tentei instalá-lo como você, executando

sudo apt install python-rdkit

Quando eu importo e verifico a versão:

>>> rdkit.rdBase.rdkitVersion
'2015.03.1'

Essa é uma versão mais recente do que a sua pelo menos, então, talvez tente reinstalar?

Note também que isto é para python 2.7.12