Apenas perceba que isso não está habilitado por padrão no Unity. Então, instale o compizconfig-settings-manager:
apt-get install compizconfig-settings-manager
Execute-o procurando por programa ccsm. Em seguida, ative as configurações "Opacidade, brilho e saturação". Agora você pode controlar a opacidade de qualquer janela por Alt + Mouse_Scroll .