Os ícones que parecem iguais não significam que são iguais. Alguns deles serão lançadores com configurações diferentes. Os 3 nomes "Arquivos" podem ter locais diferentes para os quais eles apontam.
Não obstante: estes são meramente arquivos de desktop. Então você pode removê-los se quiser. Da linha de comando:
cd /usr/share/applications/
sudo rm {desktop-file-to-remove}
Como identificar o que remover?
Você pode procurar os nomes dos arquivos procurando o nome que eles mostram no ícone. Exemplo com "Arquivos" do meu sistema (eu tenho 3 lá):
/usr/share/applications$ grep Files *
nautilus.desktop:Name=Files
nautilus-folder-handler.desktop:Name=Files
org.gnome.Nautilus.desktop:Name=Files
Use more nautilus.desktop para visualizar este arquivo da área de trabalho e veja se você pode descobrir se é uma duplicata dos outros arquivos da área de trabalho listados ao comparar os arquivos. Você também pode fazer um diff nautilus.desktop nautilus-folder-handler.desktop . Ele listará se há diferenças entre os dois arquivos.
Em vez de removê-los, você deve movê-los para outro local. Dessa forma, você pode restaurar o arquivo da área de trabalho se você remover o arquivo errado.