Honestamente, não sei onde reside a configuração do Firefox / Preferred Application. No entanto, o x-www-browser é gerenciado pelo sistema "alternatives" do dpkg. Você pode alterá-lo interativamente digitando isto em um prompt de comando:
sudo update-alternatives --config x-www-browser
Portanto, não é uma resposta completa, mas pode deixar você endireitar as coisas e seguir em frente:)
Atualizar Esta página descreve onde o Gnome mantém suas configurações de aplicativos preferenciais. A página se refere ao Linux Mint, mas os mesmos princípios devem ser aplicados: link
Então, sim, eles são diferentes.