Eu só agora pensei nisso. Eu fiz um pouco de pesquisa sobre isso e não encontrei nada específico, mas acho que você poderia desativá-lo através do gerenciador de inicialização do rEFit.
Eu tenho o rEFit no meu iMac para alternar entre o OSX e o Windows 7 e ele tem todos os tipos de ferramentas para opções de inicialização e particionamento. Eu acho que você pode ser capaz de fazê-lo através dele, pois ele usa o EFI ou "BIOS" diretamente e você deve ser capaz de instalá-lo através do Ubuntu de acordo com o site. Farei mais algumas pesquisas e testarei se posso editar minha resposta, mas, por enquanto, aqui está o link para o rEFit:
EDITAR:
rEFind como sugerido nos comentários. rEFind é atualmente mantido: