Você pode resolver isso de algumas maneiras diferentes
Altere o 000-default.conf para substituir as linhas relevantes para que correspondam ao hfd-domain1.us.conf e exclua o hfd-domain1.us.conf em /etc/apache2/sites-enabled , em seguida, seria o "000-default.conf" que aponta para o hdf-domain1.us adequado com a estrutura de pastas adequada e os outros dois seriam exibidos como no despejo.
outra forma seria alterar o 000-default.conf e alterar as entradas ServerName e ServerAlias para algo diferente, para que eles não tenham o mesmo nome que em hfd-domain1.us.conf e, em seguida, você teria um site padrão apontando para esses novas configurações .. e os 3 virtuais que você criou.
e a última maneira é ir para o diretório /etc/apache2/sites-enabled/ e remover ou renomear o atalho para 000-default.conf mudando a extensão para 000-default.conf~
Atualizado:
isso foi apontado que não parece permitir que você apenas remova o arquivo, então atualizei esta resposta com as informações do autor original, a melhor maneira para isso seria executar sudo a2dissite 000-deafult.conf para remover o 000-default.conf deixando assim os 3 hosts virtuais ativados e devem funcionar como você deseja.