Não há como recuperar isso, que é mais simples que reinstalar. Não é o caso de todos os arquivos do sistema simplesmente precisarem pertencer a um usuário em particular, ou root, ou mesmo que eles sigam um padrão. Existem muitos arquivos e diretórios em todo o sistema que dependem da propriedade de contas particulares específicas.
Em teoria, você poderia comparar a propriedade (usuário e grupo) de cada arquivo em seu sistema com a propriedade em uma nova instalação do Ubuntu, escrevendo um script para replicar essa informação de propriedade. Mas mesmo isso é complicado e propenso a casos extremos. Porque isso envolve a instalação do Ubuntu de qualquer maneira, você também pode simplesmente reinstalar.