Não sabendo o que eles tecnicamente precisam, é difícil responder isso definitivamente, mas eu suponho que há alguma dica de coloração no nível da página que eles estão vendo que o Acrobat Pro pode manipular seletivamente (não é?)
Então, minha primeira sugestão é perguntar o que eles precisam . Isso sempre vale a pena quando se lida com impressoras. Eles podem até lidar com isso para você, especialmente para uma impressão mais longa.
Mas você pode exportar uma versão em preto e branco, uma em cores e, em seguida, combinar páginas selecionadas em um documento misto. Isso pressupõe que a biblioteca subjacente respeite as dicas no nível da página. Existem várias ferramentas que você pode experimentar: pdfchain ou pdfshuffler para opções da GUI e pdftk ou pdfunite para opções de linha de comando ou script. Experimente alguns desses e veja.
Mas sim, falhando tudo isso, peça ao Bookmundo para consertar isso para você.