Meu sistema é o Ubuntu 17.10.
Acabei de ter este problema há 5 minutos. Aqui está a minha solução.
Basta instalar o gnome-tweak
sudo apt install gnome-tweak-tool
Em seguida, desative e ative algumas das opções na área de trabalho. Como os ícones de exibição, ligue e desligue. Então parece que as coisas estão atualizadas e tudo funciona de novo!