O brilho pode ser controlado pela ACPI ou pelo driver gráfico. Eu suponho que aquele que controla o seu brilho é intel_backlight. No entanto, você pode facilmente encontrá-lo adicionando ao seu /etc/rc.local (antes da saída 0):
echo 5 > /sys/class/backlight/acpi_video0/brightness
ou, alternativamente:
echo 5 > /sys/class/backlight/intel_backlight/brightness
Parece que as Fn-Keys alteram o valor de acpi_video0, o problema é que o item de controle é intel_backlight.
Se o sistema iniciar com o parâmetro do kernel acpi_backlight = vendor, o item acpi_video0 será substituído pelo item intel, mas as Fn-Keys não poderão alterar o valor deste item.