Eles são realmente os mesmos? Eles podem parecer iguais, mas e se você olhar para os menus deles (não apenas clicar com o botão esquerdo, mas tentar clicar com o botão direito), particularmente o "sobre"? O Ubuntu tem vários applets padrão de gerenciamento de bluetooth e você pode estar executando mais de um deles.
No terminal, digite ps ax | grep blue
e isso lhe dará tudo (e talvez mais algumas coisas) sobre o funcionamento do bluetooth como processos em seu sistema. Deve haver dois deles com algo como "applet" como parte de seu nome. Se você não tiver certeza, basta colar a coisa toda na sua resposta e podemos corrigi-la.
Ok, assim como a fossfreedom apontou, blueman não está na instalação padrão do Ubuntu, então a correção é apenas desinstalar isso.