Isso pode ser resolvido criando um novo link simbólico entre suas duas pastas.
O comando ln aceita dois parâmetros: <real folder directory> e <linked folder directory> . O <linked folder directory> será /var/www/ neste caso.
Assumindo que a pasta www localizada nos documentos do seu usuário é o <real folder directory> vá em frente e crie o link simbólico com:
sudo ln -s /home/user/Documents/www/folder-with-web-content /var/www/