você não especificou qual DM você tem (gdm kdm lxdm) se você estiver em lxdm / lubuntu > terminal
rm ~/.cache/menus/*
lxpanelctl restart
para encontrar seu arquivo .desktop > terminal como root
updatedb
locate <your.app.name> | grep -i desktop
deve apontar para um arquivo .desktop dentro de / usr / share / applications /; esse arquivo contém o grupo ao qual o programa está atribuído; meu palpite deve ser atribuído ao grupo de programação