Com o reprepro, você não precisa de um arquivo de alterações para fazer o upload de um arquivo deb. Há o subcomando includedeb
:
$ reprepro -b /var/www/repo includedeb xenial grep_3.1-2\~16.04.york0_amd64.deb
Exporting indices...
$ cd /var/www/repo; find pool
pool
pool/main
pool/main/g
pool/main/g/grep
pool/main/g/grep/grep_3.1-2~16.04.york0_amd64.deb
Altere -b /var/www/repo
para se adaptar onde quer que seu diretório raiz do reprepro esteja localizado.