Eu vejo isso direito que LTspice é um programa do Windows que só roda sob wine e não tem nenhuma interface de linha de comando? Não sei muito sobre o MATLAB nem o LTspice, mas duvido seriamente que exista uma maneira de criar scripts de um aplicativo nessas circunstâncias. Eu ficaria feliz em ser corrigido se eu estiver enganado!
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O melhor que posso fazer é uma automação de impressoras, eu uso xdotool para isso, exemplos sendo
xdotool key --window 11 alt+r # sends ALT+R to window with id 11
xdotool type 'random text' # types "random text" in current window
xdotool mousemove 50 50 click 1 mousemove restore # moves mouse to 50 50, performs a left click and returns cursor to previous position
Para mais informações, leia a página do xdotool - “Você também pode escrever scripts que só executam xdotool ”!