Os seguintes link teve a resposta.
Por alguma razão, os drivers USB e gráficos estavam contidos no pacote linux-image-extras, uma vez instalado, tudo funcionava bem.
Acabei de atualizar o kernel na minha máquina rodando Ubuntu 16.04 x64 de 4.4.0-62-generic para 4.8.0-36-generic . Agora, ao iniciar o novo kernel eu recebo o pop-up para o modo de baixa representação gráfica, mas não posso reconhecê-lo porque o teclado / mouse usb está inoperante, no entanto, ainda posso acessar a máquina via SSH.
Eu posso reinicializar e entrar no modo grub- > advanced- > recovery e, em seguida, fico parado sem nenhum teclado / mouse USB. Eu posso inicializar no kernel antigo e tudo está perfeitamente bem. Eu tentei sudo apt update && sudo apt upgrade e ainda o mesmo problema. Eu também tentei outras portas USB.