O sistema de arquivos padrão atual para o Ubuntu é o EXT4. Isso não normalmente precisa de fragmentação (por design).
% bl0ck_qu0te%E sua referência à desfragmentação:
% bl0ck_qu0te%Ainda deseja desfragmentar ..
Confira: polishlinux.org > Desfragmentação ext4 com e4defrag
% bl0ck_qu0te%