Este é provavelmente um problema inode. df -i
dará um percentual de inode usado.
Se os inodes estiverem com problemas para encontrar muitos arquivos pequenos, arquivá-los e excluí-los, ou apenas excluí-los, os arquivos do inode serão liberados. du ~/ | sort -n | head -n 10
listará os 10 arquivos menores no diretório inicial dos usuários atuais.