Sim. Para iniciar o EQ e torná-lo a saída padrão automaticamente na inicialização, você precisa adicionar alguns comandos ao arquivo default.pa do PulseAudio, em sua localização principal / do sistema
/etc/pulse/default.pa
... ou em uma cópia específica do usuário (é bom ter separadamente caso você precise retornar à forma antiga do arquivo depois de muitas modificações - basta excluir / renomear o usuário e o sistema um teria prioridade novamente)
~/.config/pulse/default.pa
Então, na parte inferior do arquivo, você adiciona algo assim:
### Load the integrated pulseaudio equalizer and dbus modules
load-module module-equalizer-sink sink_name=MyFancyNewEQSink
load-module module-dbus-protocol
set-default-sink MyFancyNewEQSink
... e reinicie o Ubuntu. (Você pode reiniciar apenas o PulseAudio, mas pode perder a funcionalidade das teclas de volume dedicadas no seu teclado. Eu gostaria de reiniciar o sistema operacional para definir tudo corretamente.)
Note que isto faz do QPAEQ a saída padrão para tudo, não apenas para o VLC.