Supondo que você tenha se conectado ao sistema remoto antes, haverá um arquivo de configuração para esta conexão em ~/.remmina/ . O arquivo de configuração terá o formato [numeric string].remmina . Se você tem vários arquivos, não conheço nenhuma maneira fácil de encontrar o que você quer olhando os nomes dos arquivos. No entanto, você pode abrir os arquivos com um editor de texto até encontrar o que deseja.
Quando você souber qual arquivo de configuração usar [desired-config-file].remmina , a linha de comando do terminal para iniciar o remmina nesse arquivo de configuração é remmina -c [desired-config-file].remmina .
Você pode simplesmente adicionar esta linha de comando ao Startup Applications no Ubuntu.
Como um comentarista disse, você não quer que esta linha de comando seja executada até que sua área de trabalho tenha iniciado. Você pode ter que adicionar um comando de espera para conseguir isso; infelizmente não me lembro como fazer isso.