Usando um loop simples:
count=0; for file in HTTP_services*; do mv "$file" "$(( count++ )).nc4"; done;
use-o com echo
primeiro para garantir que ele funcione como você deseja:
$ count=0; for file in HTTP_se*; do echo "mv" "$file" "$(( count++ )).nc4"; done;
mv HTTP_services.cgi?FILENAME=%2Fdata%1 1.nc4
mv HTTP_services.cgi?FILENAME=%2Fdata%2 2.nc4