O Windows possui drivers para discos no modo AHCI. O problema é que quando você ativa o AHCI, o Windows não tem o driver instalado porque ele foi instalado no modo IDE, portanto, não é possível montar o disco e a inicialização. Você poderia perguntar no Superusuário sobre inicializar janelas no modo de segurança e obtê-lo para instalar o driver para AHCI ou reinstalar o Windows no modo AHCI. Você não seria bloqueado, pois o novo BIOS deve permitir que você selecione entre IDE e AHCI. Mas é claro que é aconselhável fazer backup de dados importantes antes de fazer qualquer coisa em um sistema.