O Gnome software center e o Ubuntu software center são apenas softwares que permitem baixar e instalar outros softwares. O software mostrado será o mesmo em ambos (bem, haverá diferentes bibliotecas). Software de terceiros provavelmente estará disponível no gnome software center também, talvez você precise abrir o repositório "partners" para exibi-lo?
(você não informou o que é o software; adicione-o à pergunta e a resposta provavelmente será mais direcionada ao seu problema).
- O antigo centro de software do Ubuntu está listado na lista de pacotes do 17.04, mas instalará o pacote 16.04, já que não há uma versão mais recente. Download direto para o arquivo DEB . Isso provavelmente ainda funciona (não tentei);)
Em relação ao software pago: você também recebe suporte do vendedor do seu software. E é provável que eles tenham seu próprio repositório, seu próprio instalador Debian e seu próprio site de download.